Das Museum befindet sich in dem Gebäude in der Straße Jánský vršek, nur wenige Schritte von der Nerudova-Straße entfernt, in dem sich früher die Vinárna U Magistra Kellyho (Meister Kellys Weinstube) befand. Die Ausstellung konzentriert sich auf die berühmteste Epoche der Alchemisten, die Regierungszeit von Rudolf II.
Das Motto des Museums lautet: Viele Wege führen zur Zauberei, aber von ihr nur einer. Dieser eine Weg ist, wie es scheint, der Weg, den Doktor Faust aus dieser Welt nahm - ein Loch in der Decke. Auch dies ist in der neuen Ausstellung zu finden. Abgesehen von einer kleinen Ausstellung über Alchemie im Goldenen Gässchen ist das neue Museum die größte Attraktion, die an diese faszinierende Zeit erinnert. Eine weitere, bescheidenere Erinnerung an die Prager Alchemisten findet sich im Turm der Malostranská-Brücke.