El museo se encuentra en el edificio de la calle Jánský vršek, a pocos pasos de la calle Nerudova, que antiguamente albergaba el Vinárna U Magistra Kellyho (bar de vinos del maestro Kelly). La exposición se centra en la época más famosa de los alquimistas, el reinado de Rodolfo II.
El lema del museo es: Muchos caminos conducen a la hechicería, pero de ella sólo uno. Este único camino, al parecer, es el que tomó el doctor Fausto para salir de este mundo: un agujero en el techo. Esto también se puede encontrar en la nueva exposición. Aparte de una pequeña exposición sobre la alquimia en Golden Lane, el nuevo museo es la mayor atracción que conmemora este fascinante periodo. Otro recuerdo, más modesto, de los alquimistas praguenses se encuentra en la torre del puente de Malostranská.
