La construcción de la Sinagoga Maisel fue encargada por Mardoqueo Maisel, alcalde de la ciudad judía de Praga, en base al privilegio concedido por el emperador Rodolfo II. Construida por Judah Tzoref de Herz y Josef Wahl, era originalmente un templo renacentista de tres naves, algo inusual para su época. La sinagoga se quemó en el incendio del gueto de 1689 y fue reconstruida varias veces. Adquirió su forma neogótica actual por el profesor A Grotte en 1893-1905.
Exposición permanente: Los judíos en las tierras de Bohemia, siglos X-XVIII
La exposición presenta una gran cantidad de objetos raros de colección, cada uno de ellos colocado en una nueva disposición y en un contexto adecuado tras una reciente reconstrucción integral de la Sinagoga de Maisel. Las pantallas táctiles permiten a los visitantes consultar antiguos manuscritos hebreos y ver mapas históricos de los asentamientos judíos. También se anima a los visitantes a buscar en la base de datos del museo información sobre personajes judíos destacados.
Por la noche, la zona de exposiciones se transforma a menudo en un auditorio y se utiliza como escenario para conciertos, recitales y representaciones teatrales en solitario.
