Le musée est installé dans le bâtiment situé sur Jánský vršek, à quelques pas de la rue Nerudova, qui abritait autrefois le Vinárna U Magistra Kellyho (bar à vin du Maître Kelly). L'exposition se concentre sur l'époque la plus célèbre des alchimistes, le règne de Rodolphe II.
La devise du musée est la suivante : De nombreux chemins mènent à la sorcellerie, mais un seul en part. Ce seul chemin, semble-t-il, est celui que le docteur Faust a emprunté pour quitter ce monde - un trou dans le plafond. C'est ce que l'on retrouve dans la nouvelle exposition. En dehors d'une petite exposition sur l'alchimie à Golden Lane, le nouveau musée est la plus grande attraction commémorant cette période fascinante. Un autre souvenir, plus modeste, des alchimistes de Prague se trouve dans la tour du pont Malostranská.
