La chiesa capitolare di San Pietro e Paolo a Vyšehrad, nella sua forma attuale, è una pseudo-basilica a tre navate con cappelle sulle navate laterali, un profondo coro triangolare chiuso con una sacrestia e una cappella sui lati.
La basilica capitolare fu fondata nel 1070 dal principe Breslavia II e nel 1129 fu ampliata. Durante le riparazioni dopo l'incendio del 1249, la maggior parte dell'essenza romanica dell'edificio scomparve e fu sostituita da una navata gotica a tre navate. Negli anni 1885-1903, la basilica fu riorganizzata in tre fasi: l'ampliamento del presbiterio, la creazione di una sacrestia e di un deposito e la riorganizzazione della navata principale in stile barocco. La costruzione procedette secondo i piani dell'architetto Josef Mocker.
La pittura del presbiterio, della cappella Šancovská e delle navate laterali è opera del pittore viennese Karel Jobst. La seconda parte è stata decorata in stile Art Nouveau secondo A. Mucha (1860-1939) da F. Urban e M. Urbanová-Zahradnická (1868-1945).
Tra il 1988 e il 1994, l'interno della chiesa è stato ampiamente restaurato. Nel 2003, Papa Giovanni Paolo II ha promosso la chiesa capitolare di Vyšehrad a Basilica Papale Minore.
