O museu está instalado no edifício em Jánský vršek, a poucos passos da rua Nerudova, que era anteriormente a localização de Vinárna U Magistra Kellyho (Master Kelly's Wine-bar). A exposição centra-se na era mais famosa dos alquimistas, o reinado de Rudolf II.
O lema do museu é: Muitos caminhos levam à feitiçaria, mas a partir dela apenas um. Este único caminho, como parece, é o caminho que o Doutor Fausto tirou deste mundo - um buraco no tecto. Isto também pode ser encontrado na nova exposição. Para além de uma pequena exposição sobre alquimia em Golden Lane, o novo museu é a maior atracção que comemora este período fascinante. Outra, mais modesta, lembrança dos alquimistas de Praga pode ser encontrada na torre da ponte de Malostranská.
