Nová budova Národného múzea má veľmi zaujímavú históriu, pretože najprv slúžila ako Pražská burza (od roku 1938 do príchodu okupačných síl), potom ako parlament (1946-1992), rozhlasové štúdio (1995 - 2009) a v súčasnosti funguje ako múzeum, pričom zostáva rôznorodé v zmysle svojich exponátov.
Nedávno bola spojená s blízkou Historickou budovou podzemným prechodom s unikátnou multimediálnou výstavou nazvanou „Okamihy histórie“. Jej 1. časť je venovaná búrlivým udalostiam 20. storočia, ktoré sa odohrali na Václavskom námestí, zatiaľ čo 2. časť ukazuje architektonický vývoj tohto miesta, od 19. storočia po súčasnosť.
Dlhodobé výstavy v Novej budove
História 20. storočia – dozviete sa o moderných dejinách Česka od prvej svetovej vojny po vstup Českej republiky do Európskej únie. Rôznorodosť udalostí a osudov ľudí je prezentovaná v rôznych prostrediach, ukazuje vývoj námestí a ulíc, transformáciu obchodných a kultúrnych priestorov, ako aj súkromné priestory bytov s dobovým zariadením.
Výstava tiež poskytuje vhľad do zmien v českej a československej politike. Predstavuje kľúčové postavy, ako aj zásadné rozhodnutia moci, ktoré ovplyvnili všetky časti populácie.
"Mysarium" – relaxačná zóna inšpirovaná knihou „Dlhá noc múzejnej myši“. Tu sa môžu mladí návštevníci spojiť s myškou Elvírou a holubom Emilom a aspoň na chvíľu vstúpiť do ich sveta plného farieb, fantázie a hravosti.
