Stavbu Maiselovy synagogy zadal na základě privilegia císaře Rudolfa II. starosta pražského Židovského Města Mordechaj Maisel. Postavili ji Judah Tzoref de Herz a Josef Wahl a původně se jednalo o renesanční chrám se třemi loděmi, což bylo na svou dobu neobvyklé. Synagoga vyhořela při požáru ghetta v roce 1689 a byla několikrát přestavěna. Současnou novogotickou podobu získala v letech 1893-1905 od profesora A Grotteho.
Stálá expozice: Židé v českých zemích, 10.-18. století
Vystaveno je množství vzácných sbírkových předmětů, z nichž každý je po nedávné komplexní rekonstrukci Maiselovy synagogy umístěn v novém uspořádání a náležitém kontextu. Dotykové obrazovky umožňují návštěvníkům nahlédnout do starých hebrejských rukopisů a prohlédnout si historické mapy židovského osídlení. Návštěvníci jsou rovněž vybízeni k vyhledávání informací o významných židovských osobnostech v muzejní databázi.
Ve večerních hodinách se výstavní prostory často mění v auditorium a slouží jako místo konání koncertů, recitálů a samostatných divadelních představení.
