A Maisel-zsinagóga építését Mordechai Maisel, a prágai zsidó város polgármestere rendelte meg, II. Rudolf császár kiváltsága alapján. Judah Tzoref de Herz és Josef Wahl építtette, eredetileg egy háromhajós reneszánsz templom volt, ami szokatlan volt a korban. A zsinagóga az 1689-es gettótűzben leégett, és többször újjáépítették. A jelenlegi neogótikus formáját 1893-1905 között Prof. A Grotte tervei alapján nyerte el.
Állandó kiállítás: Zsidók a cseh területeken, 10-18. század.
A kiállításon ritka gyűjteményi tárgyak sokasága látható, amelyek mindegyike új elrendezésben és megfelelő kontextusban kapott helyet a Maisel zsinagóga nemrégiben történt átfogó rekonstrukciója után. Az érintőképernyők segítségével a látogatók régi héber kéziratokat nézhetnek át, és megtekinthetik a zsidó települések történelmi térképeit. A látogatókat arra is ösztönzik, hogy a múzeum adatbázisában kutassanak a zsidóság kiemelkedő személyiségeiről szóló információk után.
Az esti órákban a kiállítótér gyakran átalakul előadóteremmé, és koncertek, szavalóestek és szólószínházi előadások helyszíne.
