Eredetileg a Horowitz család imahelye volt, és egy rituális fürdő (mikve) közelében állt. Eredeti formáját 1950-54-ben állították helyre.
Állandó kiállítás: A Shoah cseh és morva áldozatainak emlékműve
1955-60-ban a Pinkas zsinagógát a Shoah közel 80 000 csehországi és morvaországi zsidó áldozatának emlékművévé alakították át. Az egyik legkorábbi ilyen jellegű emlékmű Európában, két festő, Václav Boštík és Jiří John alkotása. Az 1968-as szovjet inváziót követően az emlékmű több mint 20 évig zárva volt a nyilvánosság előtt. A kommunista rendszer bukása után 1995-ben teljesen felújították és újra megnyitották a nagyközönség előtt.
