Het museum is gehuisvest in het gebouw aan de Jánský vršek, op een steenworp afstand van de Nerudova straat, waar vroeger de Vinárna U Magistra Kellyho (Meester Kelly's Wijnbar) was gevestigd. De tentoonstelling richt zich op het beroemdste tijdperk van de alchemisten, de regeerperiode van Rudolf II.
Het motto van het museum luidt: Vele wegen leiden naar de tovenarij, maar daaruit slechts één. Dit ene pad, zo lijkt het, is het pad dat dokter Faust uit deze wereld nam - een gat in het plafond. Ook dit is terug te vinden in de nieuwe tentoonstelling. Afgezien van een kleine tentoonstelling over alchemie in de Gouden Steeg, is het nieuwe museum de grootste attractie ter herdenking van deze fascinerende periode. Een andere, meer bescheiden, herinnering aan de Praagse alchemisten is te vinden in de toren van de Malostranská brug.
