A Igreja de S. Pedro e Paulo em Vyšehrad, na sua forma actual, é uma pseudo-básilica de três nave com capelas nas laterais das naves, uma capela profunda e triangular fechada com uma sacristia e uma capela nas laterais.
A basílica do capítulo foi fundada em 1070 pelo Príncipe Wrocław II., em 1129 foi ampliada. Durante as reparações após o incêndio de 1249, a maior parte da essência românica do edifício desapareceu e foi substituída por uma nave gótica de três trincheiras. Nos anos 1885-1903, a basílica foi regotizada em três fases; o presbitério foi prolongado, uma sacristia e um depósito foram estabelecidos, e a nave principal barroca foi regotizada e revazada. A construção prosseguiu de acordo com os planos do arquitecto Josef Mocker.
A pintura do presbitério, da capela e das naves laterais provém do pintor vienense Karel Jobst. A segunda parte foi decorada no estilo Art Nouveau segundo A. Mucha (1860-1939) por F. Urbanová-Zahradnická e M. Urbanová-Zahradnická (1868-1945).
Entre 1988 e 1994, o interior da igreja foi amplamente restaurado. Em 2003, o Papa João Paulo II promoveu a Igreja do Capítulo de Vyšehrad à Basílica Papal Menor.
