Construcția Sinagogii Maisel a fost comandată de Mordecai Maisel, primarul orașului evreiesc din Praga, în baza unui privilegiu acordat de împăratul Rudolf al II-lea. Construită de Judah Tzoref de Herz și Josef Wahl, a fost inițial un templu renascentist cu trei naosuri, ceea ce era neobișnuit pentru vremea sa. Sinagoga a ars în incendiul ghetoului din 1689 și a fost reconstruită de mai multe ori. Ea a căpătat forma sa actuală în stil neogotic de către profesorul A Grotte în 1893-1905.
Expoziție permanentă: Evreii în ținuturile boeme, secolele X-XVIII
Sunt expuse o mulțime de obiecte de colecție rare, fiecare dintre acestea fiind plasate într-o nouă configurație și într-un context adecvat după o recentă reconstrucție cuprinzătoare a Sinagogii Maisel. Ecranele tactile permit vizitatorilor să răsfoiască manuscrise ebraice vechi și să vadă hărți istorice ale așezărilor evreiești. De asemenea, vizitatorii sunt încurajați să caute în baza de date a muzeului informații despre personalități evreiești proeminente.
În orele de seară, zona de expoziție este adesea transformată într-un auditoriu și folosită ca loc de desfășurare a concertelor, recitalurilor și spectacolelor de teatru solo.
