Inițial, a fost un loc de rugăciune pentru familia Horowitz și era situat în apropierea unei băi rituale (mikveh). A fost restaurat la forma sa originală în 1950-54.
Expoziție permanentă: Memorialul victimelor boeme și morave ale Holocaustului
În perioada 1955-60, sinagoga Pinkas a fost transformată într-un memorial pentru cele aproape 80.000 de victime evreiești ale Shoah-ului din Boemia și Moravia. Este unul dintre primele monumente de acest gen din Europa și este opera a doi pictori, Václav Boštík și Jiří John. După invazia sovietică din 1968, memorialul a fost închis publicului timp de mai bine de 20 de ani. A fost complet reconstruit și redeschis publicului în 1995, după căderea regimului comunist.