Построенная в конце XIII века каменщиками из королевской мастерской (которые также работали над близлежащим монастырем Святой Агнессы), она свидетельствует о важном статусе тогдашней еврейской общины Праги. Первоначально она называлась Новой или Великой, но только после того, как в конце XVI века были построены другие синагоги, она стала называться Старой-Новой (Altneuschul). Легенда гласит, что камни для ее основания были принесены ангелами из разрушенного Иерусалимского храма.
Староновая синагога пользуется огромным уважением в еврейском квартале Праги и в еврейских общинах за рубежом. Она также окутана многочисленными легендами и преданиями. Согласно одной из легенд, синагога была защищена от пожара в гетто крыльями ангелов, превращенных в голубей, поэтому она чудесным образом сохранилась до наших дней. По другой легенде, на чердаке синагоги хранятся останки Голема, искусственного существа из глины, которое оживил рабби Лоев, чтобы защитить пражскую общину.