La construction de la synagogue Maisel a été commandée par Mordecai Maisel, le maire de la ville juive de Prague, sur la base du privilège accordé par l'empereur Rudolf II. Construite par Judah Tzoref de Herz et Josef Wahl, elle était à l'origine un temple Renaissance à trois nefs, ce qui était inhabituel pour l'époque. La synagogue a brûlé dans l'incendie du ghetto de 1689 et a été reconstruite plusieurs fois. Elle a acquis sa forme néo-gothique actuelle par le professeur A Grotte en 1893-1905.
Exposition permanente : Les Juifs dans les terres de Bohême, 10e-18e siècle
L'exposition présente un grand nombre d'objets de collection rares, chacun placé dans une nouvelle disposition et un contexte approprié après une récente reconstruction complète de la synagogue Maisel. Des écrans tactiles permettent aux visiteurs de consulter d'anciens manuscrits en hébreu et de voir des cartes historiques des colonies juives. Les visiteurs sont également encouragés à rechercher dans la base de données du musée des informations sur des personnalités juives de premier plan.
En soirée, l'espace d'exposition est souvent transformé en auditorium et utilisé pour des concerts, des récitals et des représentations théâtrales en solo.