Il s'agissait à l'origine d'un lieu de prière pour la famille Horowitz et était situé près d'un bain rituel (mikveh). Il a été restauré dans sa forme originale en 1950-54.
Exposition permanente : Mémorial aux victimes bohémiennes et moraves de la Holocauste
En 1955-60, la synagogue Pinkas a été transformée en un mémorial pour les près de 80 000 victimes juives de la Shoah originaires de Bohême et de Moravie. L'un des premiers mémoriaux de ce type en Europe, il est l'œuvre de deux peintres, Václav Boštík et Jiří John. Après l'invasion soviétique de 1968, le mémorial a été fermé au public pendant plus de 20 ans. Il a été entièrement reconstruit et rouvert au public en 1995 après la chute du régime communiste.