De kapittelkerk van de apostelen Petrus en Paulus in Vyšehrad is in zijn huidige vorm een driebeukige pseudo-basiliek met kapellen aan de zijschepen, een diep, driehoekig gesloten koor met een sacristie en een kapel aan de zijkanten.
De kapittelbasiliek werd in 1070 gesticht door prins Wrocław II., in 1129 werd ze vergroot. Tijdens herstelwerkzaamheden na de brand van 1249 verdween het grootste deel van de romaanse essentie van het gebouw en werd het vervangen door een gotisch driebeukig schip. In de jaren 1885-1903 werd de basiliek in drie fasen heropgebouwd: het priesterkoor werd uitgebreid, er werden een sacristie en een depot ingericht en het barokke hoofdschip werd heropgebouwd en van nieuwe gewelven voorzien. De bouw werd uitgevoerd volgens de plannen van architect Josef Mocker.
De beschildering van het priesterkoor, de Šancovská kapel en de zijschepen is van de hand van de Weense schilder Karel Jobst. Het tweede deel werd in Art Nouveau stijl volgens A. Mucha (1860-1939) gedecoreerd door F. Urban en M. Urbanová-Zahradnická (1868-1945).
Tussen 1988 en 1994 werd het interieur van de kerk grondig gerestaureerd. In 2003 heeft paus Johannes Paulus II de kapittelkerk van Vyšehrad gepromoveerd tot de Pauselijke Basiliek Minor.
