Obiekty Muzeum Żydowskiego znajdują się na zachowanym terenie dawnego Miasta Żydowskiego w historycznym centrum Pragi, wpisanego na Listę Światowego Dziedzictwa UNESCO. Synagoga Maisela jest pierwszą częścią stałej wystawy o historii Żydów w Czechach i na Morawach, która przedstawia przekrój historii Żydów na ziemiach czeskich od pierwszych osad żydowskich w X wieku do emancypacji pod koniec XVIII wieku.
Zwiedzanie muzeum obejmuje także wizyty w synagogach Pinkasa, Klausena i Hiszpańskiej, w Sali Ceremonialnej oraz na słynnym Starym Cmentarzu Żydowskim. Przewodnik audio z 30% zniżką można odebrać w Centrum Informacji Turystycznej przy ul. Maiselova 15.