Wybudowana pod koniec XIII w. przez kamieniarzy z warsztatu królewskiego (którzy pracowali także przy pobliskim klasztorze św. Agnieszki), jest świadectwem ważnego statusu ówczesnej praskiej społeczności żydowskiej. Pierwotnie nazywana Nową lub Wielką Synagogą, dopiero po powstaniu innych synagog pod koniec XVI wieku zaczęła być nazywana Starą-Nową. Legenda głosi, że kamienie węgielne pod jej fundamenty zostały przyniesione przez anioły ze zburzonej Świątyni Jerozolimskiej.
Synagoga Staronowa cieszy się ogromnym szacunkiem w praskim mieście żydowskim i w gminach żydowskich za granicą. Wiążą się z nią również liczne legendy i opowieści. Według jednej z nich przed pożarem w getcie synagogę chroniły skrzydła aniołów przemienionych w gołębie, dlatego do dziś pozostała ona w cudowny sposób nienaruszona. Inna legenda głosi, że na strychu synagogi znajdują się szczątki Golema - sztucznego stwora z gliny, który został ożywiony przez rabina Loewa, aby chronić praską społeczność.