Stavbu Maiselovej synagógy zadal Mordecai Maisel, starosta židovského mesta v Prahe, na základe privilegia udeleného cisárom Rudolfom II. Postavili ju Judah Tzoref de Herz a Josef Wahl, pôvodne to bol renesančný chrám s tromi loďami, čo bolo pre svoju dobu nezvyčajné. Synagóga zhorela pri požiari v ghette v roku 1689 a niekoľkokrát bola prestavaná. Súčasnú neogotickú podobu získala od prof. A Grotte v rokoch 1893-1905.
Stála výstava: Židia v českých krajinách, 10.-18. storočie
Na výstave je množstvo vzácnych zbierkových predmetov, každý umiestnený v novom usporiadaní a správnom kontexte po nedávnej komplexnej rekonštrukcii Maiselovej synagógy. Dotykové obrazovky umožňujú návštevníkom prehliadať staré hebrejské rukopisy a pozerať historické mapy židovských osídlení. Návštevníci sú tiež povzbudení hľadať v databáze múzea informácie o významných židovských osobnostiach.
V večerných hodinách sa výstavná plocha často premení na auditorium a využíva sa ako miesto pre koncerty, recitály a sólové divadelné predstavenia.
