Von hier aus reisten sie und der heilige Josef nach Bethlehem, wo Jesus geboren wurde, und kehrten später wieder zurück. Kurz nach dem Tod der Jungfrau Maria wurde die Heilige Kabine zu einer verehrten Reliquie. Leider wurde sie nach dem Einfall der Sarazenen in Palästina schwer beschädigt, konnte aber durch ein Wunder gerettet werden - so die Legende. Sie besagt, dass Engel die Heilige Hütte nach dem Abzug des Kreuzfahrerheeres aus Palästina im Jahr 1291 zunächst nach Dalmatien und dann in die Stadt in Norditalien brachten. Dort wurde die Hütte in einem Lorbeerwald versteckt, woraufhin die Stadt auf Lateinisch Loreto oder Laurentum genannt wurde.
Archäologische Forschungen bestätigten später, dass ein Teil des Mauerwerks tatsächlich mit der Hütte Marias identisch war, aber was die Übertragung betrifft, so war es wahrscheinlich der Papst, der sie im 13. Jahrhundert aus Nazareth bringen ließ.
Nach dem italienischen Vorbild des Architekten Donato Bramante wurde Loreto auch in anderen katholischen Ländern gebaut - in Tschechien geschah dies nach der Niederlage bei Bílá Hora im Jahr 1620. Die von Kardinal Diettrichstein errichtete Heilige Hütte in Mikulov wurde zum Vorbild für das Prager Loreto, da Gräfin Kateřina Benigna von Lobkowicz es bei ihrem Besuch bewunderte. Sie stiftete mehrere Lobkowiczer Grundstücke für den Bau des Prager Loreto, übertrug den Kapuzinern die Verwaltung des künftigen Heiligtums und lud auch den Baumeister Giovanni Battista Orsi aus Wien ein. Als dieser starb, setzte Andrea Allio die Arbeiten fort.
Die Bauarbeiten begannen 1626, das Heiligtum wurde 1631 von Kardinal Harrach heiliggesprochen, und dauerten noch viele Jahre an. Das Heilige Kabinett, unter dem sich die Krypta der Familie Lobkowicz befindet, liegt in der Mitte des Hofes und ist von sechs Kapellen umgeben. Sie ist mit Marmorreliefs von Giovanni Bartolommeo Cometa geschmückt, der die Originale von Sansovino nachahmte.
Im Inneren befindet sich in einer silbernen Nische eine 110 cm hohe Jungfrau Maria von Loreto, die das Jesuskind hält. Die aus Lindenholz geschnitzte Statue aus den 1620er Jahren wurde mit der Zeit schwarz, wodurch sie dem italienischen Original aus Zedernholz noch ähnlicher wurde. Dies ist zum Teil auf die frühere Sitte zurückzuführen, Räume mit Kerzen zu beleuchten. Man beachte auch den künstlich erzeugten Riss in Anlehnung an die Hütte im italienischen Loreto, wo der Blitzschlag die Dorfbewohner aufwecken sollte, damit sie die Hütte schützen konnten, wenn ein Dieb eindrang.
