Die Kapitelskirche der Heiligen Apostel Petrus und Paulus in Vyšehrad ist in ihrer heutigen Form eine dreischiffige Pseudobasilika mit Kapellen in den Seitenschiffen, einem tiefen, dreieckig geschlossenen Chor mit einer Sakristei und einer Kapelle an den Seiten.
Die Kapitelsbasilika wurde 1070 von Fürst Wrocław II. gegründet, 1129 wurde sie vergrößert. Bei den Reparaturen nach dem Brand von 1249 verschwand der größte Teil des romanischen Kerns des Gebäudes und wurde durch ein dreischiffiges gotisches Kirchenschiff ersetzt. In den Jahren 1885-1903 wurde die Basilika in drei Etappen umgestaltet: Das Presbyterium wurde vergrößert, eine Sakristei und ein Depot wurden eingerichtet, und das barocke Hauptschiff wurde umgestaltet und neu eingewölbt. Die Bauarbeiten erfolgten nach den Plänen des Architekten Josef Mocker.
Die Ausmalung des Presbyteriums, der Šancovská-Kapelle und der Seitenschiffe stammt von dem Wiener Maler Karel Jobst. Der zweite Teil wurde im Jugendstil nach A. Mucha (1860-1939) von F. Urban und M. Urbanová-Zahradnická (1868-1945) dekoriert.
Zwischen 1988 und 1994 wurde das Innere der Kirche umfangreich restauriert. Im Jahr 2003 erhob Papst Johannes Paul II. die Vyšehrader Kapitelskirche in den Rang einer Päpstlichen Basilika Minor.