La costruzione della Sinagoga Maisel fu commissionata da Mordecai Maisel, sindaco della Città Ebraica di Praga, in base al privilegio concesso dall'imperatore Rodolfo II. Costruita da Judah Tzoref de Herz e Josef Wahl, era originariamente un tempio rinascimentale a tre navate, insolito per l'epoca. La sinagoga bruciò nell'incendio del ghetto del 1689 e fu ricostruita più volte. L'attuale forma neogotica fu realizzata dal Prof. A Grotte nel 1893-1905.
Mostra permanente: Gli ebrei nelle terre boeme, X-XVIII secolo
In mostra una grande quantità di rari oggetti da collezione, ciascuno collocato in una nuova disposizione e in un contesto adeguato dopo la recente ricostruzione completa della Sinagoga Maisel. Gli schermi tattili consentono ai visitatori di sfogliare antichi manoscritti ebraici e di visualizzare mappe storiche degli insediamenti ebraici. I visitatori sono anche incoraggiati a cercare nel database del museo informazioni su figure ebraiche di spicco.
Nelle ore serali, l'area espositiva viene spesso trasformata in auditorium e utilizzata come sede di concerti, recital e spettacoli teatrali solistici.
