Originariamente era un luogo di preghiera per la famiglia Horowitz e si trovava vicino a un bagno rituale (mikveh). È stato restaurato nella sua forma originale nel 1950-54.
Mostra permanente: Memoriale delle vittime boeme e morave della Olocausto
Nel 1955-60 la sinagoga Pinkas è stata trasformata in un memoriale per le circa 80.000 vittime ebree della Shoah provenienti dalla Boemia e dalla Moravia. Si tratta di uno dei primi monumenti commemorativi di questo tipo in Europa, opera di due pittori, Václav Boštík e Jiří John. Dopo l'invasione sovietica del 1968, il monumento è rimasto chiuso al pubblico per oltre 20 anni. È stato completamente ricostruito e riaperto al pubblico nel 1995, dopo la caduta del regime comunista.