Het was oorspronkelijk een gebedshuis voor de familie Horowitz en bevond zich in de buurt van een ritueel bad (mikveh). Het werd in 1950-54 in zijn oorspronkelijke vorm hersteld.
Permanente tentoonstelling: Gedenkteken voor de Boheemse en Moravische slachtoffers van de Holocaust
In 1955-60 werd de Pinkas Synagoge omgebouwd tot een gedenkteken voor de bijna 80.000 Joodse slachtoffers van de Shoah uit Bohemen en Moravië. Het is een van de vroegste gedenktekens in zijn soort in Europa en het is het werk van twee schilders, Václav Boštík en Jiří John. Na de Sovjetinvasie van 1968 was het monument meer dan 20 jaar gesloten voor het publiek. In 1995, na de val van het communistische regime, werd het volledig heropgebouwd en opnieuw opengesteld voor het publiek.
