De Maisel Synagoge werd gebouwd in opdracht van Mordecai Maisel, de burgemeester van de Joodse Stad Praag, op grond van een privilege verleend door keizer Rudolf II. De synagoge, gebouwd door Judah Tzoref de Herz en Josef Wahl, was oorspronkelijk een renaissancistische tempel met drie beuken, wat ongebruikelijk was voor die tijd. De synagoge brandde af tijdens de gettobrand van 1689 en werd verschillende malen herbouwd. In 1893-1905 kreeg het zijn huidige neogotische vorm door Prof. A Grotte.
Permanente tentoonstelling: Joden in de Boheemse landen, 10de-18de eeuw
Er wordt een schat aan zeldzame collectiestukken tentoongesteld, die na een recente uitgebreide reconstructie van de Maisel-synagoge in een nieuwe opstelling en in de juiste context zijn geplaatst. Via aanraakschermen kunnen bezoekers oude Hebreeuwse manuscripten doorbladeren en historische kaarten van Joodse nederzettingen bekijken. Bezoekers worden ook aangemoedigd om in de database van het museum te zoeken naar informatie over prominente Joodse figuren.
In de avonduren wordt de tentoonstellingsruimte vaak omgetoverd tot een auditorium en gebruikt als locatie voor concerten, recitals en solotoneelvoorstellingen.
