A construção da Sinagoga de Maisel foi encomendada por Mordecai Maisel, o Presidente da Câmara da Cidade Judaica de Praga, com base no privilégio concedido pelo Imperador Rudolf II. Construída por Judah Tzoref de Herz e Josef Wahl, era originalmente um templo renascentista com três naves, o que era invulgar para a sua época. A sinagoga incendiou-se no incêndio do gueto de 1689 e foi reconstruída várias vezes. Adquiriu a sua forma neo-gótica actual pelo Prof. A Grotte, em 1893-1905.
Exposição permanente: Judeus nas Terras Boémias, Século X-XVIII
Em exposição está uma riqueza de objectos raros de colecção, cada um colocado num novo layout e contexto próprio após uma recente reconstrução abrangente da Sinagoga Maisel. Os ecrãs tácteis permitem aos visitantes olhar através de antigos manuscritos hebraicos e visualizar mapas históricos de povoações judaicas. Os visitantes são também encorajados a procurar na base de dados do museu informações sobre figuras judaicas proeminentes.
Nas horas da noite, a área de exposição é frequentemente transformada num auditório e utilizada como local para concertos, recitais e espectáculos de teatro a solo.
