Ursprünglich war es eine Gebetsstätte für die Familie Horowitz und befand sich in der Nähe eines rituellen Bades (Mikwe). In den Jahren 1950-54 wurde sie in ihrer ursprünglichen Form restauriert.
Dauerausstellung: Gedenkstätte für die böhmischen und mährischen Opfer der Holocaust
In den Jahren 1955-60 wurde die Pinkas-Synagoge in eine Gedenkstätte für die fast 80 000 jüdischen Opfer der Shoah aus Böhmen und Mähren umgewandelt. Es ist eines der frühesten Denkmäler dieser Art in Europa und das Werk der beiden Maler Václav Boštík und Jiří John. Nach dem Einmarsch der Sowjets im Jahr 1968 war die Gedenkstätte mehr als 20 Jahre lang für die Öffentlichkeit geschlossen. Nach dem Sturz des kommunistischen Regimes wurde es 1995 vollständig rekonstruiert und wieder für die Öffentlichkeit zugänglich gemacht.