Der Bau der Maisel-Synagoge wurde von Mordecai Maisel, dem Bürgermeister der Prager Judenstadt, auf der Grundlage eines von Kaiser Rudolf II. erteilten Privilegs in Auftrag gegeben. Sie wurde von Judah Tzoref de Herz und Josef Wahl erbaut und war ursprünglich ein dreischiffiger Renaissance-Tempel, was für die damalige Zeit ungewöhnlich war. Die Synagoge brannte beim Ghettobrand von 1689 ab und wurde mehrmals wieder aufgebaut. Ihre heutige neugotische Form erhielt sie von Prof. A. Grotte in den Jahren 1893-1905.
Dauerausstellung: Juden in den böhmischen Ländern, 10. bis 18. Jahrhundert
Zu sehen ist eine Fülle von seltenen Sammlungsobjekten, die nach einer kürzlich erfolgten umfassenden Rekonstruktion der Maisel-Synagoge neu angeordnet und in einen angemessenen Kontext gestellt wurden. Über Touchscreens können die Besucher alte hebräische Manuskripte durchblättern und historische Karten der jüdischen Siedlungen betrachten. Die Besucher können auch in der Datenbank des Museums nach Informationen über bekannte jüdische Persönlichkeiten suchen.
In den Abendstunden wird der Ausstellungsbereich oft in ein Auditorium umgewandelt und als Veranstaltungsort für Konzerte, Liederabende und Solo-Theateraufführungen genutzt.
